4º estágio do sharingan

Essa é a forma mais forte do Sharingan, o Mangekyou Sharingan. Para se chegar nessa forma avançada é necessário que se mate o melhor amigo. Não se sabe a explicação para esse método, mas é o único que parece funcionar. {spoiler}Não se sabe o porquê, mas Hatake Kakashi conseguiu um Mangekyou Sharingan sem, aparentemente, matar seu melhor amigo. O dele era muito diferente ao usado pelo Uchiha Itachi, o outro ninja que tem este Sharingan poderoso.{spoiler} Segundo Itachi, existem outros dois usuários desse estágio, apesar deles nunca terem sido citados novamente, nem para dizer se estão vivos ou mortos. Esse estágio permite a utilização de três técnicas especiais:
Tsukyomi (técnica do Deus da lua): cria uma realidade imaginária na mente do oponente, fazendo passar horas (quem estipula o tempo é o portador do Sharingan) de tortura dentro de sua mente, enquanto que no mundo real passa-se somente um segundo. Somente usado por Uchiha Itachi.
Amaterasu (técnica do Deus do sol): somente usada por Uchiha Itachi, onde ele incinera o oponente com seus olhos, criando uma espécie de chamas negras, que só se apaga depois de 7 dias e 7 noites, queimando tudo que encostar nela.
Susanoo (técnica de implosão), essa técnica só foi usada por Hatake Kakashi. Tem o poder de controlar tempo e espaço. Se concentrando em um único ponto, esse Mangekyou Sharingan pode implodir o alvo e transformar a área ao redor em nada, transportando o que estiver nessa região para uma outra dimensão. Seguindo a lógica dos outros nomes, essa técnica poderia ser chamada de Susanoo, mas oficialmente ela nunca foi nomeada. (Apareceu apenas no mangá, por enquanto).